Buenas tardes,
creo que la decision depende de la comunidad Autonoma. En Andalucía, que es el caso de mi hermana, la normativa establece que la superación de la FP conduce a la obtención del título de ESO sin exigir “el mismo nivel que la ESO ordinaria”. Si que es verdad que en los casos con menor nivel les hacen repetir una vez cada curso (estando 4 años en la FP en lugar de 2) con el fin de que «lleguen al máximo nivel que puedan antes de obtener el titulo»
Yo te recomiendo que solicites al instituto que te hagan la comunicación por escrito recogiendo los motivos que llevan a esa decisión (que es lo que nos ha servido a nosotros en casos similares) y valoraría la opción de repetir curso para lograr mayor madurez.